در صحن: بین آبدارچی‌های مجلس به سیگارهای فراوانی که می‌کشد مشهور است و بین نمایندگان به پارلمانتیست بودن. او درمیانه جلسات همیشه سری به آبدارخانه می‌زند تا سیگاری روشن کند. البته اصراری هم برای پنهان کردن این عادت خود ندارد و مصاحبه‌های اختصاصی با خبرنگاران نیز مرتبا سیگار می‌کشد.
محمدرضا باهنر نیز به مانند برخی دیگرازسیاستمداران ایرانی ورود به عرصه سیاست را مدیون برادر خویش است. محمدجواد باهنر، نخست وزیر ایران در که 
در حادثه اتفجار دفتر ریاست جمهوری کشته شد.
باهنر در مجلس دوم به مجلس راه یافت و حضور خود را درمجلس سوم ادامه داد. با اکثریت گرفتن طیف مشهور به راست در انتخابات مجلس چهارم، باهنر منشی هیات رئیسه شد.
استیضاح عطاء الله مهاجرانی و عبدالله نوری، وزرای ارشاد و کشور محمد خاتمی، رئیس جمهور سابق ایران، در مجلس پنجم، باهنر را بیش از پیش از فضای سیاسی و رسانه‌ای مطرح کرد. چنانچه عطاء الله مهاجرانی در دفاعیات خود در جلسه استیضاح گفت که یک ربع آخر استیضاح را در انتظار نطق آتشین باهنر است.
درانتخابات مجلس ششم و همزمان با قدرت گرفتن اصلاح طلبان در این مجلس، باهنر به مجلس راه نیافت با پیشنهاد عبدالعلی‌زاده، وزیر مسکن خاتمی، عضو هیات مدیره شهرک واوان در اطراف تهران شد.
محمدرضا باهنر درمجلس هفتم برخلاف دوره‌های قبل از حوزه انتخابیه کرمان به مجلس راه یافت و گزینه‌های ریاست مجلس محسوب می‌شد. بعد‌ها گفت که به آیت الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی پیغام داده است که خیالش راحت باشد چرا که او بر سر ریاست مجلس با غلامعلی حداد عادل «دعوا» نخواهد کرد.
او در‌‌نهایت نایب رئیس مجلس شد و به تعبیر نمایندگان اداره جلساتی که ممکن بود به چالس بینجامد به او سپرده می‌شد، ازجمله جلسه‌ای که کار اقلیت مجلس با باهنر به دلیل خوانده نشدن نام نمایندگان تذکر دهنده به درگیری کشید.
با به قدرت رسیدن محمود احمدی‌نژاد، برخی از رسانه‌های اصلاح طلب و اصولگرایان به باهنر اتهام می‌زدند که بیشترین سهم را در کابینه او گرفته و بسیاری از نزدیکان او به سمت وزارت منصوب شده‌اند.
مجتبی ثمره هاشمی از مشاوران و یاران نزدیک احمدی‌نژاد، خواهر‌زاده باهنر بود. از سوی دیگر باهنر مدعی بود که برای اولین بار او از محمود احمدی‌نژاد به عنوان گزینه ریاست جمهوری نام برده. او در مصاحبه‌ای با نشریه شهروند گفته بود که پس از تائید نشدن صلاحیت محمود احمدی‌نژاد برای شهرداری تهران توسط وزارت اطلاعات دولت خاتمی او پادرمیانی کرده و گفته است که احمدی‌نژاد کاندیدای ما برای انتخابات آینده ریاست جمهوری است.
حضورچهره‌های نزدیک به باهنر درکابینه دولت محمود احمدی‌نژاد البته چندان نپائید و آنان رفته رفته ازکابینه احمدی‌نژاد اخراج شدند. دردولت دوم محمود احمدی‌نژاد، باهنر مخالف کابینه احمدی‌نژاد شد و پیش بینی کرد که ۸ نفر از اعضای کابینه رای نمی‌اورند. پیش بینی باهنر با حکم شفاهی آیت الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی برای رای به کابینه احمدی‌نژاد منتفی شد. باهنر خبر دستور رهبری برای رای به کابینه را افشا کرد. این اقدام باهنر و مواضع او درباره انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ ازجمله خبر دیدار او با فائزه هاشمی سبب اعتراض برخی از اصولگرایان شد. باهنر در سال ۸۹ با رای فراکسیون اصولگرایان ازمقام نایب رئیسی مجلس برای یک سال کنارگذاشته شد اما درسالهای بعد دوباره به سمت خود بازگشت.
باهنر علاوه برحضور درمجلس ریاست جامعه اسلامی مهندسین را نیز عهده دار است و او پس از سال ۷۶ جایگزین حسن غفوری فرد، دبیر کل سابق این گروه شده است.
او از جمله کاندیداهای مطرح انتخابات ریاست جمهوری سال ۹۲ بود اما در نهایت در انتخابات ثبت نام نکرد.
