در صحن: مجلس شورای اسلامی، برای تامین نظر شورای نگهبان، با حذف معافیت مالیاتی نهادهای تحت فرمان رهبری مخالفت کرد تا کماکان نهادهای تحت فرمان رهبر ایران از پرداخت مالیات معاف باشند. لحظاتی پیش نمایندگان (جلسه روز یکشنبه) با تصویب نظر شورای نگهبان، رای به برقرار ماندن معافیت مالیاتی نهادهایی دادند که با اذن بنیانگذار انقلاب و رهبر ایران، از پرداخت مالیات معاف شده بودند. نهادهایی همچون آستان قدس رضوی از پرداخت مالیات معاف ماندند.
«لایحه اصلاح قانون مالیات های مستقیم»، از جمله آخرین لوایحی است که در سال 1391 توسط دولت محمود احمدی نژاد، تقدیم مجلس شد و دولت روحانی نیز آن را پس نگرفت. براساس نظر دولت احمدی نژاد، تمام دستگاهها مکلف به پرداخت مالیات می شدند. نمایندگان مجلس پیش از این به حذف معافیت مالیاتی دستگاههای تحت فرمان رهبری رای داده بودند ولی شورای نگهبان این مصوبه را دارای ابهام دانست و اعلام کرد: «بند 4 الحاقي به ماده 2 قانون، موضوع بند يك ماده واحده، از اين حيث كه مشخص نيست آيا مقام معظم رهبري معافيت را تأييد مي‌فرمايند يا نهاد حاكميتي را تعيين مي‌كنند، ابهام دارد.» مجلس برای رفع ابهام مصوب کرد که تمامی دستگاههایی که با اجازه آیت الله خمینی از پرداخت مالیات معاف بودند و این اجازه را آیت الله خامنه ای هم تایید کرده است، کماکان از پرداخت مالیات معاف هستند.
براساس مصوبه مجلس، در آینده نیز رهبر ایران، این اجازه را خواهد داشت تا نهادی را که مالیات پرداخت می کند، از پرداخت مالیات معاف کند. این مصوبه با وجود آنکه از اهمیت زیادی برخوردار بود هیچ مخالفی در صحن نداشت و نمایندگان بدون کمترین بحثی تسلیم نظر شورای نگهبان شدند تا این لایحه مجدد برای تایید نهایی به شورای نگهبان برود. روند تصویب این قانون در سکوت کامل نماینده دولت و با سرعت و بدون استماع نظر موافقان و مخالفان طی شد.
پیش از این دكتر علي عسگري به خبرگزاري فارس گفته بود: «در قانون ماليات هاي مستقيم بعضي از نهادهايي كه تحت نظر مقام معظم رهبري فعاليت مي كنند از ماليات عملكرد معاف هستند اما دفتر مقام معظم رهبري در خصوص قانون ماليات بر ارزش افزوده حتي شركت هاي زيرمجموعه آستان مقدس امام رضا(ع) و حضرت معصومه(س) را از قانون ماليات بر ارزش افزوده معاف نكردند و در آنجا هم ما از ايشان كسب نظر كرديم كه فرمودند همه نهادهاي اقتصادي كه زيرنظر آستانين فعاليت مي كنند مشمول قانون هستند و بايد ماليات بر ارزش افزوده را بپردازند.»
براساس بند دیگری از این قانون نمایندگان مجلس رای به حذف معافیت مالیاتی موقوفات و هدایا دادند. به گفته لاهوتی نماینده لنگرود، آمار وقف در کشور طی چند سال اخیر، رو به رشد است و مردم به وقف اموالشان روی آورده اند لذا مجلس با تصویب معافیت مالیاتی موقوفات، به رشد بیشتر وقف کمک کند.
شورای نگهبان ممنوعیت سفر به حج را برای بدهکاران مالیاتی خلاف شرع دانسته بود. مجلس به اصلاح این ماده نیز مانند دیگر مواد این لایحه رای داد. یکی از نمایندگان با طرح این پرسش که آیا کسی که بدهکاری مالیاتی دارد مگر استطاعت سفر حج دارد که این سفر برایش شرعی باشد که حالا نتوان بخاطر پرداخت نکردن مالیات از سفر ممنوع اش کرد؟ ولی مجلس به تامین نظر شورای نگهبان رای داد و مصوب کرد که نمی توان مانع سفر بدهکاران مالیاتی به حج شد.
